鍼と同様に、お灸の起源も古代中国にあるといわれています。
道家の『荘子』という書物の中にある「盗跖篇」に、「お灸」という言葉が出てきます。
『荘子』は中国の戦国時代の終わりの著作と考えられており、そこに「灸」という言葉が出てきますので、その頃には既にお灸が普及していたものと考えられています。その他、中国の戦国時代中期に書かれた『孟子』のなかにも、お灸の記載があるそうで、これらを総合すると、おそらくその起源は最低でも戦国時代の初期（紀元前８００年頃）まで遡り、ひょっとしたら文字がまだ完成される以前にも経験的に行われていた可能性はあります。
道家の本は思想･哲学的な内容が主ですが、実際に医療の場面に用いられていたという形跡は、前漢時代の王族のお墓である馬王堆漢墓（まおうたいかんぼ）から出てきた『十一脈経』『五十二病方』という書物に記載があります。
鍼灸医学の原典の一つ『黄帝内経（こうていだいけい）・素問(そもん）』の中にあります「異法方宜論（いほうほうぎろん）」には、鍼は気候や風土の関係で中国の北方で発生したと書いてあります。北方は高いところが多く寒さが強いところなので、お灸が発達したと書いてあります。
日本でも、伊吹山のもぐさは最上級品として古来より珍重されており、もしかしたら中国とは別に、同時発生的に古代日本でも医療の原型としてお灸が使われていた可能性があります。
現在でも、日本の各地域には、それぞれに伝承されきた古くからの家伝の灸があったり、民間療法としても盛んに行われていたと思われます。
中でももっとも有名なのは、弘法大師が広めたという“弘法の灸”というものがあります。
これは、弘法大師が仏教経典などとともに、当時の先端である中国文化の医療を持ち帰ったのが広まったものと言われております。